Originaire du Territoire de Belfort, Nicolas partage dans un premier temps ses études entre la musique et les sciences. Après avoir reçu l’enseignement de Christian Peignier en clarinette au CRR de Besançon, il entre au CNSMD de Lyon où il étudie auprès de Jacques Di Donato et Robert Bianciotto.
En 2002 il y obtient son prix de clarinette puis, en 2004, son Certificat d’Aptitude. Il poursuit avec un Diplôme d’interprétation instrumentale électroacoustique dans le département de composition, au sein des Emeudroïdes, un groupe très actif constitué de 4 improvisateurs qui se produisent régulièrement en France et en Allemagne. Actif tant dans le domaine des musiques improvisées que comme musicien de chambre ou comme soliste, il est l’invité régulier d’orchestres comme l’Orchestre de Chambre de Paris, l’Orchestre National de Lyon ou l’Orchestre Les Siècles. Son goût pour les écritures contemporaines l’amène à collaborer également avec l’Ensemble Intercontemporain, 2E2M ou l’Ensemble Offrandes.
Depuis 2010 et de nombreux séjours à Istanbul, il joue les musiques de Turquie (notamment les musiques tsiganes de Thrace) et pratique le balaban (ou doudouk). Les groupes Talawine (avec le oudiste Hassan Abd Alrahman), Oksit (musiques de Turquie revisitées, avec Eléonore Fourniau et Ufuk Şimşek), ou encore son duo avec l’accordéoniste Christian Maës, mêlant compositions, musiques traditionnelles et improvisations dessinent son nouvel imaginaire sonore.
Il enseigne actuellement la clarinette, l’improvisation et les musiques traditionnelles au Conservatoire de Région de Chalon-sur-Saône, au Pôle Supérieur de Dijon-Bourgogne, ainsi qu’à l’Académie de musiques de Villelongue-dels-Monts.
Nicolas Nageotte est membre du Lemanic Modern Ensemble depuis 2014.